Magneettikuvauksessa potilas asetellaan ilmastoituun ja valaistuun tunneliin, joka on avoin molemmista päistä. Tutkimus perustuu voimakkaaseen magneettikenttään ja kuinka ihmisen kudosten vetyatomit siihen reagoivat. Kuvaus antaa tarkkoja anatomisia kuvia vartalon kaikista osista ja kudoksista. Magneettitutkimus on kivuton tutkimus, eikä siinä käytetä röntgensäteitä. Tutkimus kestää 15–45 minuuttia kuvauskohteesta riippuen. Joissakin tutkimuksissa voidaan käyttää suonensisäistä tai niveleen laitettavaa kontrastiainetta parantamaan kudosten erottumista, kontrastiaine ei sisällä jodia. Kaikkiin magneettitutkimuksiin tullessa tulee täyttää turvallisuuskysely. Osa tutkimuksista vaatii ravinnotta olemisen.
Magneettikuvauslaitteessa syntyy kovaa ääntä ja tämän vuoksi potilas saa tutkimuksen ajaksi kuulosuojaimet, joiden kautta on mahdollista kuunnella radiota. Hoitaja valvoo kuvausta kameroiden ja mikrofonin kautta. Potilas voi ottaa tarvittaessa saattajan mukaan tutkimushuoneeseen.