Ylintä päätösvaltaa hyvinvointialueella käyttää aluevaaleissa valittu aluevaltuusto, jossa on 59 valtuutettua. Aluevaltuusto päättää hyvinvointialueen toiminnasta ja taloudesta.
Aluevaltuuston tehtävä on strateginen eli suurista linjoista päättäminen. Valtuusto valitsee myös muiden toimielinten jäsenet ja määrittelee niille tarkemmat tehtävät.